事前に労働者に説明し、念のため同意書を取り、就業規則もそれに即した改訂をしてから、
給与の減額をすれば、ほぼ大丈夫だと思います。
しかし、特に労働者へ説明もせずに、いきなり給与を減額して、後で労働者と
揉めて、訴訟等に発展した場合は、会社側が負ける可能性は大きいです。

直近の対応として、その社員の時給を算出して、実際に払った残業代と実際に働いた時間を比較します。
もし充足していれば、そこをきちんと説明して納得してもらいます。
ここでもめると後で大きな問題となります。

事業主が労働者に対して、有給休暇の利用目的を書かない限り、それを認めないのは違法となります。

就業規則を見直す場合、一番大切なことは、その内容が労働基準法等の法令に即しているかということです。
もしも、法令違反をしている就業規則の場合、その部分は無効となってしまいます。
法令も毎年のように改定されますので、最新の法令を熟知した社会保険労務士に依頼するのが一番のお勧めです。

労働基準法第15条で、事業主は労働者を雇用する時に、下記の労働条件を書面にて明示する義務があります。

1:労働契約の期間
2:「就業の場所」「従事する業務の内容」
3:「始業/終業時刻」「所定労働時間を超える労働の有無」「憩時間」「休日」「休暇」「代勤務をさせる場合は就業時転換に関する事項」
4:「賃金の決定/計算/支払の方法」「賃金締切/支払時期/昇給に関する事項」
5:退職に関する事項（解雇の事由を含む）

上記を労働契約書に明記してなければ違法となります。

従業員を解雇する時は、少なくとも30日前に当人に予告しなければなりません。
例えば、9月１日に解雇する場合、7月31日に解雇の予告をする必要があります。
解雇予告は口頭でも有効ですが、従業員とのトラブルを防ぐ為にも、解雇事由を説明し文書を交付したほうが良いかと思います。
※予告期間が10日しかない場合、不足の20日分の平均賃金を従業員に支払う義務があります。